Nghị định đưa ra các quy định cụ thể hơn về thủ tục công bố danh mục kêu gọi dự án. Theo đó, cán bộ, ngành, UBND cấp tỉnh cần công bố danh mục dự án vào tháng 1 hàng năm để nhà đầu tư lựa chọn và đăng ký thực hiện dự án (30 ngày kể từ ngày danh mục dự án được đăng tải lần cuối).
Hợp đồng dự án
Nghị định cho phép nhà đầu tư có thể chuyển nhượng một phần hoặc toàn bộ các quyền và nghĩa vụ của mình trong Hợp đồng dự án khi được cơ quan có thẩm quyền cho phép và không được làm ảnh hưởng đến mục tiêu, quy mô, tiêu chuẩn kỹ thuật và tiến độ thực hiện dự án.
Ngoài ra, nhà đầu tư cũng có thể thay đổi nội dung quy mô, tiêu chuẩn kỹ thuật và tổng vốn đầu tư thực hiện dự án.
Thủ tục cấp Giấy chứng nhận đầu tư và thực hiện dự án
Theo Nghị định 78, Bộ Kế hoạch và Đầu tư (“BKHĐT”) là cơ quan tổ chức thẩm tra, cấp Giấp chứng nhận đầu tư (“GCNĐT”) cho các dự án. Tuy nhiên, theo việc cấp GCNĐT sẽ do Bộ KHĐT hoặc UBND cấp tỉnh cấp tuỳ thuộc vào các tiêu chí được đề cập trong Nghị định. Hồ sơ dự án sẽ bao gồm cả báo cáo nghiên khả thi, bên cạnh các văn bản đề nghị cấp GCNĐT, Hợp đồng dự án , Điều lệ doanh nghiệp dự án với các tiêu chí thẩm định như (1) các quyền và nghĩa vụ của các bên theo Hợp đồng dự án; (2) Tiến độ thực hiện dự án ; (3) Nhu cầu sử dụng đất; (4) Các giải pháp về môi trường; (5) Các kiến nghị của Nhà đầu tư về ưu đãi đầu tư, bảo lãnh của Chính phủ (nếu có).
Chuyển giao công trình dự án sau khi hết thời gian kinh doanh công trình
Khác với quy định trước đây, trong vòng sáu tháng kể từ ngày hoàn thành Công trình dự án theo thoả thuận tại Hợp đồng dự án, Nhà đầu tư phải lập hồ sơ quyết toán giá trị vốn đầu tư xây dựng công trình phù hợp với quy định của pháp luật về xây dựng. Cơ quan nhà nước có thẩm quyền thoả thuận với Nhà đầu tư việc lựa chọn tổ chức kiểm toán độc lập thực hiện việc kiểm toán giá vốn đầu tư xây dựng Công trình dự án.
Ưu đãi đầu tư
Theo quy định của Nghị định 78, doanh nghiệp được thành lập theo hình thức BOT, BTO được hưởng ưu đãi theo hình thức đặc biệt ưu đãi đầu tư và thuế suất áp dụng cho toàn bộ thời gian thực hiện dự án. Cụ thể, doanh nghiệp được hưởng thuế suất thuế TNDN 10% trong suốt thời gian thực hiện dự án, được miễn thuế TNDN trong 4 năm và giảm thuế 50% trong 9 năm tiếp theo.
Tuy nhiên, ưu đãi thuế hình thức đầu tư đặc biệt không còn được áp dụng tại Nghị định 1008. Thay vào đó, ưu đãi thuế TNDN sẽ được áp dụng theo Thông tư 130/2008/TT-BTC hướng dẫn thi hành Luật thuế TNDN hiện hành. Cụ thể, các ưu đãi đầu tư được áp dụng đối với lĩch vực đầu tư xây dựng cơ sở hạn tầng là 10% thuế TNDN trong 15 năm hoặc có thể kéo dài cho đến 30 năm nếu dự án có quy mô lớn; miễn thuế 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong vòng 9 năm tiếp theo. Như vậy, có thể hiểu rằng, các doanh nghiệp BOT và BTO là những doanh nghiệp thường đầu tư vào lĩnh vực cơ sở hạ tầng nên nhiều khả năng sẽ được hưởng các ưu đãi đầu tư theo quy định của Luật thuế TNDN và Thông tư 130/2008/TT-BTC như trên.
Giống như quy định của Nghị định 78, doanh nghiệp dự án BOT, BTO, BT và nhà thầu phụ được miễn thuế nhập khẩu theo quy định của Luật thuế xuất nhập khẩu. Theo đó, các doanh nghiệp này được miễn thuế nhập khẩu đối với một số hàng hoá tái tạo tài sản cố định, linh kiện, nguyên vật liệu để thực hiện dự án. Ngoài ra, doanh nghiệp này còn được miễn giảm tiền thuê đất hoặc tiền sử dụng đất trong toàn bộ thời gian thực hiện dự án.
Nghị định 108 có hiệu lực từ ngày 15/01/2010. Nhà đầu tư đã được cấp GCNĐT trước ngày này được tiếp tục thực hiện theo quy định tại Hợp đồng dự án và GCNĐT đang hiệu lực. Nhà đầu tư đã ký Hợp đồng dự án trước ngày này nhưng chưa được cấp GCNĐT phải điều chỉnh lại Hợp đồng dự án và thực hiện thủ tục cấp GCNĐT theo quy định tại Nghị định này.