Ngày 05-01-2010 Bộ Tài chính đã ban hành Công văn 118/BTC-TCT gửi Cục thuế các tỉnh, thành phố về áp dụng ưu đãi thuế TNDN đối với lãi tiền gửi, lãi tiền cho vay phát sinh trong các kỳ tính thuế năm 2004-2008.
Theo đó, trường hợp cơ sở kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế TNDN trong các kỳ tính thuế này, nếu đang trong giai đoạn đầu tư xây dựng, chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh, chưa phát sinh doanh thu từ hoạt động được hưởng ưu đãi thuế thì thu nhập từ lãi tiền gửi, lãi tiền cho vay phát sinh trong giai đoạn này sẽ không được hưởng ưu đãi thuế TNDN mà phải kê khai nộp thuế theo mức thuế suất phổ thông là 28% và không tính vào thời gian ưu đãi thuế TNDN (gồm cả thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi thuế TNDN và thời gian miễn, giảm thuế TNDN).
Thời gian miễn, giảm thuế TNDN được tính từ khi CSKD có thu nhập chịu thuế từ hoạt động kinh doanh được ưu đãi. Thời gian áp dụng thuế suất thuế TNDN ưu đãi được tính từ khi CSKD bắt đầu hoạt động kinh doanh.
Mặc dù chưa đề cập thêm các hướng dẫn cụ thể về khả năng hồi tố cũng như các thủ tục để đánh giá lại thời gian hưởng ưu đãi thuế TNDN, tuy nhiên Công văn 118/BTC-TCT đã thể hiện rõ quan điểm của cơ quan thuế trong việc xác định hiện hành về ưu đãi thuế TNDN nêu tại Luật số 14/2008/QH 12 và các văn bản dưới luật áp dụng cho kỳ tính thuế từ năm 2009 trở đi.
Các doanh nghiệp có phát sinh thu nhập ngoài hoạt động kinh doanh chính trong các kỳ tính thuế 2004-2008 cần soát xét lại việc tính toán thuế TNDN phải nộp, cũng như áp dụng ưu đãi miễn giảm thuế cho phù hợp.
Trường hợp có phát sinh thuế TNDN phải nộp trong giai đoạn này thì doanh nghiệp nên liên hệ với Cục thuế địa phương để điều chỉnh lại tờ khai và nộp thuế TNDN bổ sung, tránh trường hợp bị áp dụng các hình thức phạt theo Luật Quản lý thuế.
Không áp dụng ưu đãi thuế TNDN đối với thu nhập từ bán phế liệu
Cũng với tinh thần tương tự Công văn 118/BTC-TCT nêu trên, Công văn 83/TCT-PC do Tổng Cục thuế ban hành ngày 08-01-2010 quy định: các doanh nghiệp đang trong thời gian được hưởng ưu đãi thuế TNDN, nếu trong thời gian từ năm 2004-2008 có phát sinh thu nhập từ hoạt động bán phế liệu của quá trình sản xuất thì thu nhập này được coi như là thu nhập khác và không được hưởng ưu đãi. Theo đó, doanh nghiệp phải kê khai nộp thuế với thuế suất 28% từ thu nhập này.
Chi phí khấu hao được trừ cho mục đích tính thuế TNDN
Theo quy định các văn bản hướng dẫn Luật thuế TNDN trước đây cũng như hiện hành, chi phí khấu hao của những tài sản cố định không có đủ giấy tờ chứng minh thuộc quyền sở hữu của doanh nghiệp (trừ tài sản cố định cho thuê tài chính) không trừ cho mục đích tính thuế TNDN. Do đó, thời điểm bắt đầu trích khấu hao đối với tài sản cố định là thời điểm doanh nghiệp có đầy đủ giấy tờ chứng minh quyền sở hữu hợp pháp tài sản theo quy định của pháp luật.