Theo hướng dẫn tại Công văn 2117/TCHQ-KTTT ngày 22/04/2010 của Tổng cục Hải quan, khi thanh lý phế liệu của hàng hóa nhập khẩu, doanh nghiệp phải thực hiện kê khai, nộp thuế GTGT theo nguyên tắc sau:
· Trường hợp hàng hóa không thuộc đối tượng chịu thuế khi nhập khẩu, doanh nghiệp phải kê khai nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu có số hàng hóa thanh lý theo đúng quy định của Luật thuế GTGT hiện hành;
· Trường hợp hàng nhập khẩu thuộc đối tượng chịu thuế và doanh nghiệp đã nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu, có chứng từ nộp thuế, khi thanh lý phế liệu, doanh nghiệp chỉ phải kê khai nộp thuế GTGT xuất bán tiêu dùng nội địa với cơ quan Thuế.